Alors qu'une tempête fait rage à Rosewood, Hanna, Spencer et Aria étudient pour leur examen.
Emily, de son côté, rentre chez elle, ses vêtements et chaussures tâchés de boue et inquiète. Elle reçoit un sms de A qui parle "d'enterrer des choses".
Le lendemain, Veronica Hastings accompagne les filles au lycée, tout en se demandant dans quelles conditions va avoir lieu cet examen, avec les intempéries. Elle rencontre Alex, le petit ami de Spencer, et lors de leur discussion, on comprend qu'ils s'étaient déjà rencontrés avant que Spencer ne le connaisse. Spencer a l'impression qu'Alex commence à l'éviter. Wilden arrive et annonce aux filles que l'autel commémoratif d'Alison a été saccagé. Il demande à parler seul à Emily, et prend en compte ses chaussures boueuses qu'elle n'a pas pris la peine de changer.
Hanna et Lucas deviennent plus proches, et elle continue de gagner beaucoup d'argent en vendant ses sacs et autres affaires sur internet. Mona voit d'un mauvais oeil leur amitié, et critique Lucas en utilisant les surnoms méchants qu'Alison lui donnait à l'époque. Hanna et elle auront une discussion à ce sujet, et Hanna lui rappellera qu'à une époque, elles étaient au même statut social que lui, et que c'est hypocrite de le critiquer.
Emily dit aux filles qu'elle s'est couchée tôt la veille, pour être en forme pour l'examen. Aria est surprise de trouver sa mère dans le lycée, qui s'est proposée comme surveillante pour remplacer le personnel manquant. L'atmosphère est tendue avec Ezra qui n'est pas loin, et le fait que les parents d'Aria se séparent.
Byron, le père d'Aria, appelle la mère d'Hanna car sa connexion a coupé à cause de la tempête. Ashley, qui ne veut pas avouer l'état de ses finances, prétexte qu'elle doit passer une commande sur un catalogue et l'invite à utiliser le fax.
Au lycée, Hanna parle à Lucas. Mona continue de se moquer de lui. Wilden arrive et interroge les filles à propos de leur soirée de la veille. Elles couvrent Emily, sans vraiment savoir pourquoi, et prétendent qu'elle étudiait avec elles. Elles commencent à se poser des questions. Emily reçoit un sms de A qui lui dit de trouver le livre de Great Expectations à la bibliothèque. Elle l'ouvre, et à l'intérieur, trouve une lettre qu'elle avait écrite pour Alison avant sa mort.
Spencer trouve Alex et l'interroge à propos de sa mère mais le garçon dit que ce n'est pas à lui de lui raconter.
Mona continue de se moquer de Lucas, et Hanna essaie de la faire taire en disant que le sac que Mona vient d'acheter vient d'ebay, et que c'est elle qui l'a vendu. Mona dit qu'il s'agissait d'une erreur.
Après que la direction ait annoncé que l'examen était reporté, Noel et Aria se faufilent dans une classe vide.
Byron tente d'envoyer son fax mais le courant coupe chez les Marin aussi. Ils parlent du fait d'être des parents célibataires, et Ashley lui assure qu'elle ne prendra pas parti si lui et Ella divorcent.
Noel joue de la guitare devant Aria. Emily est assise dans la bibliothèque, elle se rappelle un souvenir. Alison était assise ici, elle caressait les cheveux d'Emily. Emily lui racontait qu'elle avait rêvé que Jenna pouvait encore voir, et Alison lui avait répondu "c'est pour cela que je t'aime", et avait ensuite cité un passage du livre où Pip avoue son amour ardent pour Stella, contre la raison et malgré qu'elle se joue de lui. Emily s'était penchée sur Alison, et l'avait embrassée, Alison avait sourit.
Noel continue de jouer, et Aria chante. Un moment de complicité se crée. Ils se rapprochent, et tout près de s'embrasser, sont interrompus par Ezra. Noel part, les regardant avec soupçons, et Aria reste pour parler avec Ezra. Il explique qu'il est allé à New York pour traiter des questions familiales, admet quels étaient ses "problèmes", et dit qu'il a eu le temps de réfléchir aux conséquences de leur relation. Il dit que les choses doivent changer. Aria dit qu'elles ont déjà changé et sort, en retenant ses larmes.
Byron invite Ashley à se joindre à un dîner de fac dans un restaurant marocain, où Ella devait venir.
Mona parle à Hanna, et Spencer à Alex, dans les vestiaires, où tous les élèves sont confinés en raison d'une alerte de tornade.
En relisant la lettre, Emily a encore un souvenir. Elle était dans les vestiaires, Alison se changeait et lui disait qu'elle avait acheté son soutien-gorge sur un catalogue français, poussant Emily à regarder. Elle lui avait demandé de l'attacher, et Emily l'avait fait puis embrassé dans le coup. Alison s'était retournée brusquement, et dit à Emily que leur baiser n'était rien, qu'elle aimait les garçons. Honteuse, Emily avait voulu fuir mais Alison avait pris un plaisir malsain à lui rappeler qu'elles devaient rentrer ensemble.
Emily retourne à la réalité lorsqu'elle entend des bruits étranges. Des livres commencent à tomber des étagères, elle essaie de voir qui est là, et quand elle se retourne, son sac et la lettre ont disparu.
Ella croise Ezra, elle le félicite d'être revenu de New York avec un temps pareil. Elle mentionne sa séparation avec Byron et lui demande s'il a remarqué des changements chez Aria. Mal à l'aise, il répond que non, qu'elle est une étudiante très engagée. Ella lui dit qu'elle est heureuse qu'Aria ait un adulte dans sa vie qu'elle puisse admirer.
Wilden confisque les affaires d'Emily et ses affaires dans le vestiaire. Il l'interroge dans une salle de classe. Sans y être conviées, les filles la suivent. Wilden accuse Emily d'avoir détruit le mémorial, et presque d'avoir tué Alison. Il sort des statues de l'autel, et également la lettre qu'elle avait écrite, et la montre aux filles. Emily doit expliquer à ses amies qu'elle aimait Alison plus que d'amitié, mais leur dit qu'elle ne lui aurait jamais fais de mal. Elle se sentait mal à propos de choses qu'elle avait écrite dans cette lettre et était allée là-bas pour s'excuser, mais à son arrivée le mémorial était déjà saccagé. Elle a pris les statues car elles étaient encore intact. A ce moment là, Veronica entre et accuse Wilden d'interroger des mineurs sans la présence d'un adulte, et apprend aux filles que tout ce qui a été dit n'est pas recevable devant un tribunal. Les filles lui disent qu'il accuse Emily du meurtre, et qu'il a volé son sac sans perquisitions.
Veronica apprend à Spencer qu'elle avait déjà rencontré Alex. Quand on l'avait opéré du cancer du sein, à l'insu de sa famille, elle avait beaucoup bu et visité l'hôtel où Alex travaillait, et lui avait confié beaucoup de choses. Elle donne donc son approbation à Spencer, à condition qu'elle garde le secret. Spencer retrouve Alex et l'embrasse fougueusement.
Hanna et Lucas discutent, et on voit que les chaussures de Lucas sont boueuses. Il tente de lui dire quelque chose au même moment où elle s'éloigne.
Une main gantée de noire envoie un fichier au Département de Police de Rosewood. Le fichier contient des images d'Alison le jour où elle a disparu. "A" est inscrit en haut de l'enveloppe.
